Разобрался - в обоих инталляторах используется скин, получалось что при запуске первого деинсталла - удалялись файлы другого
Source: "Files\isskin.dll"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion; Attribs: hidden system;
Source: "Files\Tiger.cjstyles"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion; Attribs: hidden system;
В итоге я просто поменял директории для деинсталлятора и скина.
[Setup]
...
UninstallFilesDir={app}\Uninstall SoundRus
[Files]
Source: "Files\isskin.dll"; DestDir: "{app}\Uninstall SoundRus"; Flags: ignoreversion; Attribs: hidden system;
Source: "Files\Tiger.cjstyles"; DestDir: "{app}\Uninstall SoundRus"; Flags: ignoreversion; Attribs: hidden system;
...
function InitializeUninstall: Boolean;
begin
FileCopy(ExpandConstant('{app}\Uninstall SoundRus\isskin.dll'), ExpandConstant('{tmp}\isskin.dll'), False);
FileCopy(ExpandConstant('{app}\Uninstall SoundRus\Tiger.cjstyles'), ExpandConstant('{tmp}\Tiger.cjstyles'), False);
FileCopy(ExpandConstant('{app}\WizardImage.bmp'), ExpandConstant('{tmp}\WizardImage.bmp'), False);
FileCopy(ExpandConstant('{app}\WizardSmallImage.bmp'), ExpandConstant('{tmp}\WizardSmallImage.bmp'), False);
LoadSkin(ExpandConstant('{tmp}\Tiger.cjstyles'), '');
Result:=True;
end;